房产档案怎么处理？

一个小业务大家看到给点建议。某单位在九几年到房产申请办理房屋所有权证。当时提供了所有需要办证登记的手续，房产部门也予以受理。但是因为历史原因，该房产并未发放房屋所有权证。
不动产登记实行以后，该单位到不动产登记机构申请办理不动产权证书。
因其房屋所有权，近期房屋建筑手续已经提供给原房产部门，并形成房产档案，该单位提出需要调取房产档案。
本地区是原房产部部门并入土地部门，形成不动产登记部门。

部门内部登记部门和档案保管部门分属两个部门。现登记部门需要调取原房产档案，为该单位办理不动产权登记。该如何处理以上情况，合理合法，又方便群众？
个人看法:部门内部沟通，作为原始登记资料的房产档案调取出与现在的不动产登记档案合并。